بیمارستان جامع زنان کوثر دارای بخش مراقبتهای ویژه نوزادان و بخش تخصصی نوزادان برای بستری نوزادان متولد شده در این مرکز می باشد.بخش تخصصی نوزادان شامل 15 تخت مصوب که پذیرای نوزادان پره ترم(نارس) دارای مشکلات تنفسی زردی نوزادی و نوزادان کم وزن موقع تولدو...می باشد.چهار فوق تخصص نوزادان در این مرکزنوزادان بستری شده را ویزیت می کنند و پرستاران کارشناس و کارشناس ارشدی که در حیطه نوزاد تخصص دارند در این بخش مشغول به کار می باشند.مرکز مروج تغذیه با شیر مادر می باشد و فضای فیزیکی بخش بصورت پارتیشن بندی طراحی شده است تا امکان هم اتاقی مادر و نوزاد برقرار باشد و امکانات رفاهی شامل تخت و غذا برای مادران فراهم می باشد. غربالگری تیروییدی و فنیل کتونوری برای نوزادان بستری انجام می شود و همچنین نوزادان نارس از نظر مشکلات شبکیه مورد بررسی قرار می گیرند .